Für die Besitznahme der an Bayern gefallenen Teile des Hochstifts Passau wurde im März 1803 das Generalkommissariat Passau unter der Leitung des Straubinger Hofgerichts-Präsidenten Freiherr von Fraunberg errichtet (RBl. 1803, Sp. 169-171). Spezialkommission in Klostersachen, Klosterseparat und Spezialklosterkommission waren für die Passauer Besitzungen nicht zuständig, weshalb der vorliegende Bestand nur einige wenige Akten(fragmente) enthält. Eine Ausnahme bildete die Aufhebung des Franziskaner- und des Kapuzinerklosters Passau sowie des Kapuzinerhospizes auf dem Mariahilfberg, die ausdrücklich der Spezialkommission in Klostersachen übertragen wurden (vgl. Abschnitte 4.6.2. und 4.6.3.)!